Εκεί σχηματίζονται υγροβιότοποι μεγάλης οικολογικής σημασίας, όπως οι Αλυκές της Καλλονής και της Σκάλας Πολυχνίτου, το έλος Παρακοίλων, Νυφίδας Πολυχνίτου και Σκάλας Καλλονής, οι εκβολές ποταμών Μάκαρα, Εννιά Καμάρες, Τσινιάς, Μυλοπόταμου, Αχλαδερής και Βούβαρης.
Οι υγροβιότοποι αυτοί είναι σημεία που διασχίζουν (ιδιαίτερα κατά τη μεταναστευτική περίοδο) ή όπου φωλιάζουν προστατευόμενα είδη πτηνών. Από τα κυριότερα είδη είναι οι ερωδιοί, οι μαυροπελαργοί, τα νανογλάρονα, ποταμογλάρονα και οι καστανόχηνες.
Τα 66 από τα 134 είδη, που έχουν καταγραφεί, είναι αποδημητικά. Η γεωμορφολογία του κόλπου Καλλονής της χαρίζει ένα ασύγκριτο κάλλος και η βιοποικιλότητα του παρέχει άφθονη τροφή και σημεία κατάλληλα για καταφύγιο στους έμβιους οργανισμούς που φιλοξενεί.
